وفقًا لطبيعة أعمال ونشاطات البرنامج الوطني للمعارض والمؤتمرات، ومن أجل قيام البرنامج باختصاصاته بشكل فعّال لتحقيق التنمية المستمرة لصناعة المعارض والمؤتمرات في السعودية، فقد تم بناء الهيكل التنظيمي على النحو التالي:
